随后大军直趋金山。
明军压境，纳哈出深感不安。
这时明军派来了使者，劝他投降，不久纳哈出的部将全国公观童归降了明朝。
经过一番犹豫动摇，最后纳哈出投降了，二十万部众除一些逃散的之外，都作了俘虏，其中仅官员将校就有三干三百多人。
纳哈出被明太祖封为海西侯。
纳哈出举众投降，使形势发生了巨大的变化。
明太祖立即委任蓝玉为大将军，征讨下一个更主要的目标——脱古思帖木儿。
他认为"肃清沙漠，在此一举"，因此要求蓝玉勿失时机，必取成功。
（第六次）1388年三月，蓝玉率师十五万北进。
四月，来到捕鱼儿海(今贝尔湖)附近，距离脱古思帖木儿汗帐不过百余里路程。
脱古思帖木儿以为明军与纳哈出作战不久，粮草匮乏，不会深入北方再战，没有作迎敌的准备。
而明军前锋奔袭他的大营之时，恰好风沙弥天，几十步外不见人。
明朝兵马突然出现，脱古思帖木儿根本不能作有效的抵抗，太尉蛮子仓促上阵，很快战败被杀。
脱古思帖木儿带着太子天保奴、知院捏怯来、丞相失烈门等数十人逃往和林方向。
这一次战役，脱古思帖木儿的次子地保奴、嫔妃公主一百二十三人、官员三千余、人口七万七千多、马驼牛羊十五万多头，以及大量印章、图书、兵器、车辆，都被明军俘获。
脱古思帖木儿一行逃亡途中，在土剌河遇到也速迭儿。
他和太子天保奴一起被也速迭儿杀死，捏怯来、失烈门逃去，南下投降了明朝。
捕鱼儿海战役使北元贵族遭到最大的失败。
如果说在此之前他们或许还有着重振势力入主中原的希望，那么这个希望到这时就完全破灭了。
自脱古思帖木儿死，蒙古内部开始陷入连绵不断的内讧之中，其间虽然有过几次统一，但对明朝始终未能构成倾覆性的威胁。
北元一明朝的南北对峙，从脱古思帖木儿败亡之后成为定局。
